mar
Правила в общем не изменились, разве что дистрибутивы стали побольше

.
Место под fat разделы можно и сразу отвести, а то и разделы создать (например использовать их пока, как архив) - всё равно Linux может нормально с ними работать. Просто перед тем, как ставить Win, надо будет создать загрузочную дискету или флешку (или иметь загрузочный CD с режимом rescue).
На полный диск не получится, но
mar - загрузчик FreeBSD вроде умеет загружать любую OS, вам и карты в руки - можно-ли его поставить, не ставя сам FreeBSD, вам лучше известно.