[Himic]

Можете разбить на подсети. Например:
Отдел 1 192.168.1.1-192.168.1.254
Отдел 2 192.168.2.1-192.168.2.254
.
.
.
Отдел N 192.168.N.1-192.168.N.254

Сервера вынести в отдельную подсеть, например 192.168.100.1-192.168.100.254

На DNS сервере назначить серверам нормальные имена и, либо, научить сотрудников набирать в окне выполнить \\server1\ либо подключить им как сетевой диск. Т.к. у вас доменная структура, то смело делайте logon script на подключение сервера как сетевого диска.