Если просто заданные строки, то:
Код:

ECHO значение>>file.ext
если выловить в файле то, что-то на основе:
Код:

FINDSTR /B /I /V /G:список "путь\file1.ext" >"путь\file.ext"
где "список" это список значений.
в данном примере в файл file.ext пишеться все КРОМЕ того что есть в "списке"