Тоже пользуюсь Nlite с 0-ой версии

В основном использую для интеграции обновлений и драйверов, удаляю лишь самую малость, типа службы удаленного реестра и проч. Никаких проблем почти никогда не было. Помнится, на стадии 1 RC 4 или 5, были какието проблемы со шрифтами, ну в следующей же версии поправили. Винда у меня СП2 Корпорейт.