vval
В соответствии со статьей MS KB
The CHKDSK utility incorrectly identifies and deletes in-use security descriptors проблема может возникать, если
chkdsk не находит ссылки на все идентификаторы безопасности в случае, если MFT > 4 Gb (маловероятно)
ИЛИ
на томе > 4,194,303 файлов (тоже маловерятно для вновь установленной системы)
В общем, последствия таковы, что списки управления доступом для некоторых файлов могут быть возвращены в состояние по умолчанию.
В принципе, рекомендуется установить последний SP, но у вас он уже установлен. Для W2k3 есть специальный хотфикс, но за ним нужно обращаться в МС. Любопытно, что такая же проблема наблюдалась и в W2k (есть статья MS KB) и решение предлагалось аналогичное.... Пока могу посоветовать только не запускать chkdsk с параметрами /f или /r. Диск можно проверить и другими средствами в конце концов.
