[MadMaks]

Так что если софт на обеих машинах не абсолютно идентичен то, ждите сюрпризов.

Тут уже проще, можно любым чистильщиком реестра удалить неправильные\ не существующие ветки.
Сложней будет если попадутся одноимённые, но не совпадающие значения