[dimadr]

rzt
1.

имеет ли Security Service Pack 3 такое же действие как если бы установить Windows с интегрированным updatepack

нет, это обычная установка фиксов.
2.

удаляет ли автоматически Security Service Pack 3 замещённые хотфиксы из Windows?

нет.
3.

замещает ли каждый следующий Security Service Pack 3 предыдущий

каждый следующей актуальнее, полностью самостоятелен. Т.е. если фикс выпущен в 2005 году и до сего дня нужен для безопасности, то он есть в пакете, и в каждой следующей версии, до тех пор пока фикс актуален.