[Dan78]

По личному опыту знаю, что при переходе с NTFS на FAT32 и обратно наблюдаются глюки с разделами и файловой системой... Причем, это проявляется как при разбиении стандартными средствами, так и при конвертации сторонними программами (напр. PQ8). Разделы слетают, неправильно определяется емкость разделов и прочие "фичи", мало добавляющие радости...
А касательно заданного вопроса, то да, будет работать... Но что скорость FAT32 ВЫШЕ чем NTFS представляется мне несколько сомнительным... При работе с FAT32 количество движений головок диска и количество считывание таблицы файлов сильно возрастает по сравнению с работой с NTFS... И следовательно время, затраченное на загрузку файла в FAT32 будет выше, за исключением случаев абсолютно нефрагментированной файловой структуры с размерами файлов чуть больше 32 К (т. е. в размер одного кластера FAT32).