Я например пользуюсь Download Masterom. В настройках Закачки-Разное выбрать опцию "Автоматически менять имя закачки (файла) если имена совпадают". Это раз. Второе: можна выбрать опцию автоматического создания папок за датой, названием сайта и т.п.
Как по мне очень удобно. Мне вполне хватает.
