[Goblin34]

Попробуй посмотреть процессы сторонней утилитой.
У меня подобная проблема возникала в нескольких случаях.
1) Запущен интранетчат, который требует ответа при выключении (Вы правда хотите выйти?). Если,не закрыв его предварительно, попытаться перезагрузить компьютер, получаем такую же картину. Так как шатдаун уже запущен, приложения не стартуют, однако компьютер не перезагружается, и самого вопроса не видно (баг в программе).
2) Есть программа, которая при ошибке сети вываливается в процессы. То есть, в приложениях ее нет, а процессах она есть, хотя при нормальной работе она, как и положено порядочной программе светится в приложениях. При шатдауне опять же наблюдаем вышеописанную картину.
3) и т. п.

Общая деталь - зависший процесс какого-то приложения и попытка выхода из системы.
Если просто завис процесс, то он не мешает запуску других программ, если завис процесс и выгреб ресурсы, тогда и уже открытые приложения работают с тормозами.
Есть только один вариант - зависшее приложение выгребло всю память. Тогда возможно, что уже запущенные приложения будут работать, а новые не запустятся. Да, и кстати, а оперативку проверял?