[XPurple]

Встроенный брандмауэр XP SP2 не предлагать (ему до iptables еще расти и расти).

Что их сравнивать.
У них принцип построения правил разный. У iptables - по-дефолту все разрешено, у Брандмауэра от MS - дефолтные установки вшиты в GUI (блокировка входящих пакетов , обращающизся к 135-139 портам или типа этого, блокировка входящих пакетов icmp и т.д.) и принцип правил идет от запрещения к разрешению.
Какой удобней - трудно сказать, зависит от философии пользователя. Можно при хорошей тренировке научиться пользоваться и Брандмауэром.