Насколько мне известно, Win98 грузится только с того раздела, на котором стоит. Т.е. если нужно запускатьWin98, она должна стоять на активном PRIM-разделе того диска, загрузка с которого выставлена в SETUP-е.
Совет:
в SETUP-е загрузка с C

или HDD0).
на обоих винтах загрузчик от XP. Нет первого винта, грузим XP.
есть первый винт - выбираем 98 или XP со второго винта.