[Zus]

Как вариант где-то читал:
Ставится шифрующая программулина и у тебя создается виртуальный шифрованный винт. Со стороны это выглядит так: девственночистый рабочий стол с подозрительным значком (значек можно спрятать) после запуска становится видимым виртуальный винт со всем барохлом кторое ты хочешь спрятать. В неактивном режиме на вину лежит файл больших размеров.
А с линухом я бы не стал отбрасывать идею сразу - в этом решении есть рациональное зерно.