Если это программа из автозапуска должен работать msconfig (под XP, но не 2000)
Еще есть очень удачная софтинка на
http://codestuff.virtualave.net/ зовется Starter.
А если "всплывает" окошко отказано в доступе, то это может быть не только запущенная программа, но и системная служба.
для этого:
Пуск->Выполнить->mmc
Ctrl+M добавить оснастку "службы" на локальном компьютере. И просмотреть/запустить/остановить нужное.
