[BuGfiX]

kazarkin,
1. вы читали описание параметра logon script ? мне кажется что нет...
2. "This parameter specifies the batch file (.bat) or NT command file (.cmd) to be downloaded and run on a machine...". если трудности с переводом - перевожу дословно: "этот параметр указывает какой пакетный файл (.bat) или команда NT (.cmd) быдет загружен и выполнен на машине...". Если бы вы прочитали это, половины вопросов бы уже небыло.
3.

надо просто в файл.bat прописать этот нужный .exe с ключами?

да, именно так. ваш exe-шник может лежать в любом расшаренном месте на любом серваке, главное чтобы он был виден с рабочих станций.
4.

а путь к exe указывать опять же линуксовый?

а скрипт может выглядеть сл. образом:
\\server\share\file.exe /param1