Грр.. прошу читать повнимательнее. Чтобы заменить файлы, спец.софта не надо. Он нужен, чтобы чего-нибудь удалить/добавить..
Простейший способ заменить файлы - сделать административную установочную точку:
Код:

msiexec.exe /a "X:\path\superprogram.msi" /qb TARGETDIR="X:\path\superprogram"
и в ней заменить нужные файлы.