Если нужно
распаковать, лучшее средство - админ.точка

В случаях, когда она не работает, поможет msi plugin v1.2 for Total Commander, только внутри самого msi имена файлов зачастую искажены.
Если нужно
перепаковать, то смотря что надо. Если заменить пару файлов измененными, опять же, сделать админ.точку и подменить файлы там, либо msi plugin'ом вытащить cab из msi и заменить в нем.
Если удалить компоненты или добавить свои файлы/значения реестра, необходим спец.софт. Простейший случай - Orca, неоднократно упоминавшаяся на этом форуме, но в ней необходимо вручную править таблицы. Есть InstallShield, где тоже самое можно сделать с помощью удобного графического интерфейса, но вопросы получения дистрибутива и приведения его к работоспособности выходят за рамки данного форума.