[kim-aa]

Это общие по классу, но абсолютно разные программы.
NetFlow - фирменный протокол Cisco для снятия информации о пакета IP с маршрутизаторов. Он однонаправленный.
Лучше всего подходит для биллинга и статистики.
(Кстати, ссылку на 5ю версию дайте, я пользую 4ю).
SNMP - двунаправленный позволяет как считывать информацию так и записывать ее на устройство.
Колличество датчиков (probe-) не ограничено стандартом. Для опроса устройство, опрашивающее устройство должно иметь карту датчиков которые имеются на опрашиваемом устройстве - MIB-Файл. Снимаемая информация самая разноообразная, от температуры и скорости вращения вентиляторов, до ошибок на физических интерфейсах (от устройства в общем зависит).
Резюме:
1) С устройствами CISCO обычно работают одновременно в 2х протоколах.
2) NetFlow как более специализированный инструмент гораздо лучше работает со статистикой.
3) Особого смысла использовать MRTG с устройствами CISCO поддерживающими NetFlow нет.
4) Для работы с устройствами Cisco при помощи SNMP обычно используют пакет Cisco Works. В сети можно надыбать версию 6.0.
Последней версии 2000, увы, даже попробовать в триале - я не нашел.
Для некрупных сетей подходит пакет Cisco Network Assistant, благо он бесплатный.