[pva]

Есть на этот случай полезная функция WaitForInputIdle.

Код:

PROCESS_INFORMATION pi;

if (CreateProcess(..., &pi) &&
    WaitForInputIdle(pi.dwProcessId, 5000)==0) // можно INFINITE, но лучше забить, если долго не получается
{
    Sleep(100); // для надёжности, но можно не делать
    ...
    // здесь мучаешь эту прогу
}
else
{
     // отчёт об ошибках, смотришь GetLastError()
}