[WOLFgang_van_Kertis]

Так настройки bios влюяют только в начальный момент загрузки, а дольше может быть по-разному Вы временно lilo/grub включите и посмотрите прежде. чем разбивать, а потом можно и выключить.

Я наверно немного протормаживаю, и неправильно Вас понимаю: объясню что понял исправьте пзл.

например:
разбиваю винт на две части, первая - основной раздел, вторая расширенный и занят полностью логич диском.
1. винда в первом (он же основной), НТ лоадер в МВР.
2. Линукс во втором лог разделе, лиго/граб в загр секторе этого раздела.
3. в НТ лоадере ссылка на загрсектор логич диска где линукс.

После переустановки винды надо только добавить в НТ лоадер 1 строку и все ОК.
Беда в том что (вероятно по непонятным причинам) НТ лоадер не хочет обращаться к загр сектору линуха (может потому, что линкс не во втором лог разделе, а резделе /dev/hdb7).
Вопрос как это исправить используя НТ лоадер?

другие варианты (не очень приятные):
1. после установки виндым менять НТ лоадер на другой загрузчик (каждый раз не удобно)
2. передвигать раздел линукс поближе (если конечно проблема в том, что НТ лоадер к нему не дотягивается) - надо использовать партишн, а я ему не очень доверяю (глючит временами с неприятными последствиями)

Одним словом мне очень хочется использовать НТ лоадер для загрузки (в моем случае это удобно), хотя может профессионалы и скажут НТ лоадер мастдай.