[Amin]

Если не ошибаюсь, в 4.1 изменена схема авторизации.
У меня была трабла только с кодировками и авторизацией. (на MySQL 5 перенос аналогичен)
Первое решил доп. командой в каждом php файле (понадобилось почему-то только в одном проекте) - mysql_query("SET NAMES cp1251"); Вставлять после mysql_select_db !
В остальных проектах просто назначил кодировку cp1251 в каждой таблице.
Второе решается заменой mysql.dll
P.S. Заставить работать связку PHP 4.4.1 + MySQL 5.0.1 мне не удалось. Ставьте PHP 5.x
Пользователей забить заново. old_passwords - откровенно костыль. Лучше перезабить их заново, обновив клиентов. Прямее, надежнее и безопаснее.