[Guest]

При конвертировании NTFS получится дико фрагментированным.
Даже MFT - даю гарантию, будет фрагментирован. И почти все файлы каталогов будут фрагметированы.
Луче сделать так - перенести инфу на другой хард, а этот диск отформатировать - винда это умеет. Еще момент - 40гиг довольно большой раздел. Так что лучше размер блока установить не 4к а 8  или 16. Но в этом случае придется дефрагментировать только нортоновскими утилитами. Все остальное (многое во всяком случае) умеет работать только с 4к.

Дефрагментировать диск после конвертации из FAT32 очень сложно, а порой и невозможно до конца.

Запасайся последним DiskKeeper и Speed Disk , поочередно запуская их можно добиться неплохой дефрагметации.

DiskKeeper умеет дефрагментировать каталоги и MFT -смотри boot time defragmentation.

Все остальное делай в Speed Disk.

Но лучше все-таки отформатировать в NTFS.