[Tigr]

время от времени вся система (включая проц!) начинает работать "рывками"

А может, это проблемы с виндой? Она у меня даже когда я оставляю без присмотра без работающих приложений все равно сильно грузится - на проце постоянная нагрузка ~10~40%!

Держи запущенным Диспетчер задач (или запускай его в такой момент, но на это может уйти много времени) и сделай скриншот списка процессов. Сравни со скриншотом в нормальном состоянии (можно оба выложить сюда - сделай это в Расширенном режиме (см. длинную кнопку под окном ввода сообщения).
Убедись, что нет перегрева - изучи температурные показатели (необходимое в моей подписи), приведи полную конфигурацию железа (см. там же Everest или SIW) и производителя, мощность и возраст блока питания.

Есть небольшое подозрение на винчестер ...

Есть ли сейчас эти явления ?

переустанавливать их заново на новую винду - да лучше застрелиться!!!

Вечных вещей не бывает. Рано или поздно придется сносить и ставить заново. Начинай настраиваться.