В описанной ситуации, при включении тормоза скорее всего из-за системного драйвера подгружаемого на уровне ядра (как раз в это время)
очень может быть связь с установкой новой программы или версии для работы с виртуальными дисками типа deamon tools или alcohol, dvd encrypt итд...
прикольная перемапилка если тормоза из-за реестра
User Profile Hive Cleanup Service (винда английска)