[mar]

антивирус под *никс системы только борется с вирями для этих же систем, или же он проверяет все вирусы, включая виндовые оси?

по-разному. Зависит от ПО и настройки

если последнее действительно, то все ли *никс авири так работают, или тока некоторые?

см. выше

возможно ли настроить систему таким образом, чтоб весь проходящий траф от шлюза потом проходил через антивирусный сервер?

Можно даже весь трафик проверять. Только надо понимать, что сервер должен быть очень мощным, чтобы минимально тормозить.

или возможно настроить систему таким макаром, чтоб шлюзовый сервак еще и на заразность проверял?

вот тут не понятоно - кого и как он должен проверять? Все и вся в комнате, включая грипп и птичий грипп?