[mar]

находимся в X-> запускаем терминал-> в его консоли говорим su-> запускаем программы и они не работают от root-а??
Если так, то все должно работать (если Вы действительно вошли root-ом через su. ) Если нет - поясните, pls
(Кстати, а зачем вообще xms запускать от root-а?)