[Skaarj]

чтобы сами субтитры составить можно воспользоваться Aegisub - для форматов SSA/ASS довольно удобная и функциональная.
насчет разных эффектов я не знаю насколько SSA функциональны, но можно воспользоваться например USF в них я спокойно делал вертикальный и горизонтальный скроллинг, картинки вставлял, караоке, также там есть такие эффекты как Fade in/out, Zoom in out только чтото заглохла разработка фильтра для этого формата (последняя версия работает только в RGB).

а накладывать на видео я бы не стал в любом случае, сделал бы отключаемые, или просто рядом положил.