[Pupkin]

1 Ничего вам отключать не надо.
2 Чтобы выстроить диски, как вы хотите, необходимо на 2 винчестере (Primary Slave) преобразовать основной раздел в дополнительный (PQ Magic-ом например)
3 После этого устанавливайте ХР. Установка создаст вам меню загрузки. Также при установке можно преобразовать раздел в НТФС. ТОлько учтите, что НТФС из Ме не будет видно и диски, идущие после НТФС раздела будут "сдвигаться"