[BuGfiX]

Такс.. .я конечно не считаю себя особо продвинутым линуксоидом, но все-таки постараюсь ответить.

В отличии от системм класса DOS/WINDOWS, в LINUX ядро не поставляется в дистрибутиве как есть, а должно быть собрано (скомпилированно) администратором из исходников.

Вообще-то в большинстве всех дистрибутивов ядро поставляется в 2-х видах: в скомпилированном (бинарном) виде, и в виде исходников. Пакеты, содержащие его обычно называются вроде kernel-x.x.x.rpm (само ядро), kernel-modules (модули ядра), kernel-headers (заголовочные файлы) либо kernel-source (исходники ядра, использованного в дистрибутиве). В любом случае, исходники доступны на kernel.org для свободного скачивания.

"make config", "make menuconfig" и "make xconfig" и что единственное что можно настроить этими способами - это наличие в ядре тех или иных модулей или установка поддержки тех или иных опций.

В общем случае процесс компиляции заключается в следующем:
1. Распаковать исходники куда-нить (обычно в /usr/src);
2. make menuconfig - именно тут вы и выбираете что включать в ваше ядро, а что нет, что делать отдельными модулями, что "вшивать" в ядро.
3. cd /usr/src/linux; make dep bzImage modules modules_install; cp arch/i386/boot/bzImage /boot/my-new-kernel
4. правка /etc/lilo.conf и запуск lilo.

А если я допустим хочу внедрить в ядро модуль, написанный каким-нибудь програмистом Васей, то как мне быть?

В этом случае, если вася что-то написал для ядра (он наверное не дурак, раз сделал это-)), скорее всего вам будет предложен diff или patch-файл, которым нужно будет пропатчить ядро перед запуском make menuconfig. Я например проделывал такую операцию чтобы прикрутить к ядру 2.4.непомню свой видео тюнер.

Если я хочу, чтобы вместо тех надписей, которые пробегают на экране в момент загрузки ядра пробегали совсем другие надписи,

Флаг вам в руки, как говорится.. Ищите эти самые надписи в исходниках и заменяйте на свои. Только проследите за длиной буфера строки.

или чтобы в этот момент на этране какая-нибудь картинка висела,

Копайте в сторону Bootsplash.

или чтобы переключение экрана на кириллицу осуществлялось.....

Не совсем понятно что значит "переключение экрана".

Если я хочу, чтобы ядро искало программу init не в /sbin, а в, допустим, /system/bin

В lilo.conf добавьте параметр к ядру: init=/system/bin/init

Теперь по поводу структуры каталогов (думаю, с переводом проблем быть не должно):
/bin Basic user-related programs are here. Command shells and programs such as ls.
/boot LILO boot-related files
/dev Block and character device files.
/etc Configuration and system initialization files.
/home User home directories, except root.
/lib Essential libraries (like the system C library and kernel modules).
/mnt Generic mountpoint for fixing filesystems.
/opt Optional software packages.
/proc Proc filesystem mountpoint for kernel interaction.
/root Root's home directory.
/sbin System binaries. Programs run by root or at boot time.
/tmp Temporary directory. Everyone has read+write permissions here.
/usr User-related programs such as X11, netscape, and pine.
/var System log files, lock files, mail spools, and printer spools.
Далее.

Я обратил внимание что при установки программ для LINUX, отсутствует диалог куда устанавливать.

Если ставите из пакета - то да. Если собираете программу из исходников, то в параметрах ./configure вы можете указать что где лежит, например ./configure --prefix=/heaven/ --libdir=/hell и т.д.

Могу предположить, что эти установки "зашиты" в ядре, тогда я снова возвращаюсь к вопросу - как это настраивается?

Переменные окружения в ядре не зашиты! Тут пркатически полная аналогия с DOS/WINDDOWS. Они устанавливаются из загрузочных скриптов.

в LINUX физически невозможны такие виндовые фишки как запуск программы с компакт-диска и самораспаковывающиеся архивы - так или нет?

Ну почему-же... С компакта программы запускаются, да и архивы самораспаковывающиеся есть, например драйвера nvidia или игры от id-software...

И напоследок - попробуйте искать ответы на свои вопросы в google, да и сам линукс обладает обширной документацией... посмотрите например файл README и содержимое папки Documentation ядра.