[amel27]

Насколько я понимаю большинство программ устанавливается по принципу: копируем файлы и правим реестр, ну кроме экзотики

На таком уровне ставятся только небольшие программы типа WinRAR, "экзотики" гораздо больше, хотя этот метод очень подходит для настройки любых программ... Поддерживаю VseDoFeNi по поводу InstallRite.

Wise for Windows Installer 6.хх пользуюсь ей не так давно! Еще знаю InstallShield 10 Professional

Это пакеты для создания своих установочных пакетов, для ковыряний в чужих пакетах лучше подходят Wise Package Studio и InstallShield Admin Studio.