[Vadikan]

Как сделать так чтобы при инсталляции какой-либо программы, сия программа автоматом просилась не в виндоувский раздел, а на тот другой диск для программ файлс?

Обычно, они пытаются установиться в %programfiles%, следовательно изменение значения переменной поможет. http://www.winguides.com/registry/display.php/1137/

И насколько возможен вариант, что при переустановке Виндоус , программы, установленные в предыдущей версии, перестанут работать правильно и стабильно

Будут работать программы, для которых наличие записей в реестре не является критическим для работы (реестр-то останется на диске с системой и при переустановке будет чистым). Иными словами, большие пакеты типа Office, Photoshop работать не будут. Ассоциаций файлов не будет и т.д. Короче, плохая идея. Документы выносить на другой диск имеет смысл, а программы - нет.