[pva]

На C++, я бы посоветовал сначала отсортировать A и B (если это массивы):

Код:

std::vector<double> A, B;
// ... fill someway

std::vector<double> a1(A), b1(B);
std::sort(a1.begin(), a1.end());
std::sort(b1.begin(), b1.end());

дальше используются алгоритмы на сортированных списках (unique, merge и др.). К сожалению, у меня нет под рукой справочника, поэтому конкретно не пишу.

Если память позволяет, а вместо double используется что-то более тяжёлое, то лучше воспользоваться шаблоном set.
Там все нужные функции есть.