[orc]

Но даже если и так это команда действует "make install && make clean" если есть интернет

Для сборки порта доступ в интернет не обязателен. Обязательны исходники. А способ получения не имеет значения. Хоть быстрыми мужиками носи. Прочитай man ports на предмет fetch-list, pretty-print-run-depends-list, pretty-print-build-depends-list.

И ещё дело в том что FreeType у меня установлен из пакетов. Как быть дальше?

Начинать читать Handbook. Если читал, то перечитать внимательно.
Пакеты это собранные приложения (бинарники). После сборки из портов получаются аналогичные бинарники, но с той разницей, что можно контроллировать процесс их получения, а значит возможность заложить или исключить определенные свойства. Если версия библиотеки или программы совпадают в портах и в пакете, то их можно считать идентичными.