[XPurple]

Можно попробовать сделать миграцию NT4-Сервера до 2003, предварительно установив на NT4 сервер DNS сервер и передав ему права держателя основной зоны.
Еще как вариант,объединить в один домен NT4 и Linux и попробовать сделать репликацию DNS записей (хотя я не момню точно, когда появилась репликация - до AD или вместе с ней). Или тоже самое (репликацию) попробовать проделать с мигрированным NT4 до 2000 и Linux-ом
Еще вариант
Поставить 2003 сервер, подключить Linux как контроллер домена, реплицировать на AD DNS-зоны, взятые с Linux-a.
p.s.
xoxmodav
Лучше, конечно, все-таки плавнее переходить от версии к версии: NT4->2000, 2000->2003. А не так как вы , скачками.