[ShaddyR]

Добавлю от себя, часто сталкивался:
1) Сканирование каждый раз проходит до конца
2) Ошибок не обнаруживает
3) Запрос автосканирования повторяется при каждом старте, вне зависимости от кол-ва уже проведенных сканирований
4) (иногда) лечится запуском chkdsk из Recovery Consol
5) Радикально лечится поиском и изменением значения параметра autocheck (может, autochk) в реестре. После этого стартовать не будет даже при наличии ошибок.
6) По возможности, лучший вариант - сбросить данные с раздела, пересоздать его и вернуть на место.