[Loki3D]

Любая программа, которая устанавливается через Setup.exe следует программной логике, которая описана в этом исполняемом файле. Т.е. Разработчик сам принял рашение где Он позволил тебе решать что куда Ставить, а где это будет сделано им, исходя из того что он знает наверняка, что ты пользоваатель той или иной версии Windows и что будет луче для работы продукта.

Ведь многие программы создают дополнительные разделы в других местах (например Documents and Settings) и непременно делают это на диске с системой

ты видимо имел ввиду свои файлы и Папки..
igoriss тебе остается только одно, либо заняться написанием писем разработчикам и нашим локализаторам, либо углубится в изучение работы отельного приложения на уровне 16-ти ричных кодов, с целью переписания исполняемых файлов и DLL под свои нужды.
Но луче потрать время с пользой )