я рекомендую если mkv используешь использовать не их пак а просто
Haali Media Splitter + свежий FFdshow
и процесс кодирования у меня вроде более внятный чем Raw описал
1- DVDDecriptor - копируем фильм на винт
2- DGIndex - создание D2V и извлечение звука
3- Belight - кодирование звука
4- GordianKnot подготовка AVS( обрезка, ресайз подсчет битрейта...)
5- MeGui x264 - кодирую видео
6- mkvtoolnix - объединяю в один файл видео, звук (субтитры, главы, постеры и т.д. .. все что под руку попадется

)