SantaXP
инсталяторы разные бывают, просто надо попытаться понять, во-первых, что такое совместимость, во-вторых, что это за инстолятор, в-третьих, что нужно конкретной программе

.
Вариант первый - бинарный файл, - формат ELF. Загрузчик ищет метку (brand), соответстующую родной (для приложения) системы. Если находит - прекрасно: грузит, как FreeBSD-ый, или, как Linux-бинарник. Если нет, и если Вы уверены, что это бинарник Linux, - можете указать это в явном виде:
Код:

brandelf -t Linux Ваша_программа
Вариант второй - инсталятор - скрипт и в нем находятся строки проверки (например, uname). Возможные решения:
- подправить скрипт, сменив uname на /usr/compat/linux/bin/uname, или на симлинки, сделав их предварительно (и остальное по анаологии)
- Вызвать скрипт командой
Код:

/usr/compat/linux/bin/sh Ваш_скрипт
- Перейти в /compat/linux, как в chroot-окружение и ставить оттуда
Возможны и другие варианты, например достаточно специфически работающие с ресурсами и железом программы, которые лучше именно в среде /linux/compat. Причем иногда при этом приходится удовлетворять кучу зависимостей. В качестве примера посмотрите,- я тут недавно "развлекалась" c установкой MainActer. (Тема
Linux приложения под FreeBSD (MainActer5))
Так что возможны варианты... А что конкретно (и когда) пишет Ваш QTParted?