[Pupkin]

antOOn
Для начала хотелось бы вам сказать, что неплохо было бы описать дисковую конфигурацию, а не просто описать буковки. Важно знать не только логические диски, но и физические. Я так понял, что у вас физически один диск, значит и будем рассуждать так.

Итак, мы имеем C: - FAT32 - 20Gb D: - NTFS - 55Gb F: - FAT32 - 5Gb

Это вы имеете в виндовс ХР, а при загрузке это совсем не так. В файле boot.ini вам ничего менять не нужно. В корневой папке на диске С: у вас также быть файлы bootsect.dos , IO.SYS , MSDOS.SYS . В файле MSDOS.SYS должно быть:
[Paths]
WinDir=D:\WINDOWS
WinBootDir=D:\WINDOWS
....

Именно D , а не F
Удачи