[DmitryOlenin]

Vadikan
Строки брались из вашего мануала... В RunOnceEx запускается CleaUp.cmd.
А вы пишете о самом CleanUp.cmd(тогда непонятна фраза о неправильности моего RunOnceEx).
Не уверен, что корректно сравнивать файлы с разными функциями. Насчет

Код:

HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce

и того, что вы сейчас привели я уже писал, что это просто эксперимент. Обычный способ запуска из CleanUp.cmd не дал никаких результатов.
Итого мы имеем...
1. Не отрабатывающий файл в cmdlines.txt - Причина неясна
2. Не отрабатывающий в части установки конкретного reg-файла RunOnceEx.cmd с правильным синтаксисом - Причина неясна
3. Не отрабатывающий в части установки конкретного reg-файла Cleanup.cmd с правильным синтаксисом и различными вариантами установки(сразу и в следующую перезагрузку) - Причина неясна
И, при этом, отлично работающий reg-файл в отдельности...

REG ADD %KEY1% /V 1 /D "regedit.exe /s %windir%\fold.reg" /f

Напоминаю, что это добавляется в RunOnce, а не в RunOnceEx. Так что и тут синтаксис абсолютно верен.
И прекрасно срабатывает, но только в том случае, если файл запускается вручную.