[DmitryOlenin]

Какой-то странный cleanup.bat. Зачем еще что-то добавлять в RunOnceEx чтоб при следующей перезагрузке срабатывало.

Вначале я именно такую строчку и добавил. Не помогло. Решил попробовать другой способ(столь же безуспешно).
Правда у меня копируется все в директорию Windows - дабы не плодить лишнего. Возможно стоит попробовать указать полный путь до reg-файла вида

Код:

REGEDIT /S "%windir%\folder.reg"

В данный момент, я не указывал пути, полагаю, что из директории Windows файлы запускаются автоматом(в переменной PATH они есть). Другие reg-файлы импортируются тем же путем вполне успешно.
Еще раз обращаю ваше внимание на поразительный факт: При автоматической установке Cleanup.bat отрабатывает весь, за исключением двух строк, описанных выше, а при запуске этого же файла вручную - все в порядке. Я не понимаю, как такое может быть.