Mitelchik

Спасибо всем помагавшим в проблеме, нашел решение, привожу просто для того чтобы на эти грабли больше не наступать:
Было:
REG ADD %KEY%\005 /V 2 /D "CMD.EXE /C attrib "%systemdrive%\program files\2gis2003\*.*" /s -r" /f
А правильно:
REG ADD %KEY%\005 /V 2 /D "CMD.EXE /C attrib \"%systemdrive%\program files\2gis2003\*.*\" /s -r" /f
Разница в том что при занесение в реестр, натыкаясь на первую " после attrib, считаеться что ввод данных закончен, поэтому при использовании вложенных кавычек, перед ними ставят слеши.
Еще раз спасибо - сам дурак оказался.