А тебе зачем?
Перезагружается в Safe Mode, запускает программу, перезагружается в нормальный режим.
1.cmd
Код:

@echo off
SET CDROM=%~d0
SET KEY=HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
REG ADD %KEY%\001 /V 1 /D "%CDROM%\1\Proga.exe" /f
REG ADD %KEY%\002 /V 1 /D "%CDROM%\1\boot2.cmd" /f
boot.cmd
EXIT
boot.cmd
Код:

@echo off
@bootcfg /raw "/fastdetect /safeboot:minimal /sos /bootlog /noguiboot" /id 1
@shutdown -r -t 0
boot2.cmd
Код:

@echo off
@bootcfg /raw "/fastdetect" /id 1
@shutdown -r -t 0