[vasketsov]

alex e
автопроверку при загрузке выполняет autochk.exe
это native-приложение (то есть не Win32).
строке его вызова находится в
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager
параметр BootExecute (только внимательно с ним, тип REG_MULTI_SZ)

какие у него есть параметры - поищи на microsoft.com по строке autochk, или сразу в MSDN.