[Gnidodav]

Ура товарищи! Нашлось таки решение проблемы. Использовал утилиту MP4Cam2AVI, изначально предназначеную для несколько иных целей. Берем тут http://sourceforge.net/projects/mp4cam2avi/ Но главное Input-MP4, Output-AVI без рекомпрессии. Причем полученый AVI без проблем разрезался в VirtualDubMod (все стримы AC3, OGG, SRT можно добавить там же). На выходе MKV желаемых размеров. Несколько глюков правда осталось; например в начале второго файла все-таки наблюдаются упомянутые выше квадратики, но длится это не более двух секунд после чего 3ivx Decoder начинает прекрасно справляться со своей работой. Также при перемотке изображение поначалу как бы замылевается элементами предыдущего кадра. Явление это прекращается при смене ракурса или передвижении объектов. Со спокойными затянутыми сценами правда облом.