[andrew brave]

во как время бежит. народ уже не помнит что такое системные и конфигурационные файлы. :-)
честно говоря, не осень понимаю, как вашапрога эмитирует загрузочную область на флэшке, а config.sys и autoexec.bat создаются любым текстовым редактором. за основу можно взять nt варианты тех же файлов. smartdrive прописывается, сколько помню, не в конфиге, а вавтоекзеке с рядом параметров, которые к слову, частично отличаются в dos/win98/winxp.

ссылку на фина так и не нашел, но вспомнил другой вариант. начиная с 95-ых, существует такой пакет winlight, который позволяет ставить облегченный вариант чуть не на три четверти винды, если есть возможность разместить досовскую загрузку, так не проще ли положить на флэш облегченные винды.