rel="alternate" казывает на альтернативную версию документа. Например, для другого языка или другой среды, т.е. не браузера, а например печати или как в данном случае rss-читалки. Так я интерпретирую спецификацию. Но в ней же сказано, то как именно будет обрабатываться атрибут rel очень сильно зависит от браузера.
http://www.w3.org/TR/html4/types.html#type-links