[Petya V4sechkin]

Папка C:\Windows\Logs\CBS\ была предварительно очищена, а файл setupapi.dev.log удалён.

Печально.

появился только один новый файл CBS.log

Там записи о usbhub3.inf и USBHUB3.SYS (версии 10.0.17763.5458 из KB5036896) - вы вручную зачем-то их меняли?

В Диспетчере устройств несколько USB устройств, но USB 3 среди них нет, ошибок драйверов нет, неизвестных устройств нет.

Это означает, что некорректно установлен драйвер корневого (parent) устройства.

Если запустить Windows с флешки, то порты работают и устройства USB 3 отображаются в Диспетчере устройств.

Там в меню вид - Устройства по подключению - посмотрите, на каком устройстве логически висят хост-контроллеры USB 3.x.

P.S. USBHUB3 - драйвер для USB-концентраторов, а для хост-контроллеров USB - другой.