[SergOst]

А откуда 1с запускается в терм.режиме: с сервера или подключенной по локсети рабстанции?
И под каким логином, в смысле с какими правами?

мгновенно загружается список баз, но когда загрузилась необходимая база,

Как это понять? Произошло открытие всех dbf и появилось обычное меню-раб поле 1С программы или просто окно запуска схлопнулось?
У юзера, который входит в терм.режим что стоит в Environment - запускать только 1с и путь к 1cv77.adm\bin\...? А какой записан ниже рабочий каталог? (попробуйте заменит рабкаталог на \winnt\system32)