[Sham]

каждые 2 байта разделить запятыми »

каждый байт наверное (2 hex-символа это октет/байт)

Код:

$ecp = 'd:\some\ЭЦП.reg'
$dir = 'd:\some'
@'
Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Crypto Pro\Settings\Users\S-1-5-21-2057983085-278926685-2992048368-1001\Keys\ЭЦП]
'@ >$ecp
Get-ChildItem $dir '*.key' | % {
  $bytes = [bitconverter]::tostring([io.file]::readallbytes($_.fullname)) -replace '-', ','
  '"{0}"=hex:{1}' -f $_.name, $bytes >>$ecp
}